長崎県で不登校のお子さんの居場所やフリースクールをお探しの保護者の方へ。
「学校に行けない子どもにとって、どんな場所が安心できるのか」「学習の遅れはどうすればいいのか」「高校進学は大丈夫なのか」――こうした悩みを抱えている方も多いのではないでしょうか。
長崎県には、長崎市・佐世保市・大村市・諫早市などを中心に、不登校の子どもたちを支える地域密着型のフリースクールがいくつか存在します。加えて、全国どこからでも通えるオンラインフリースクールも近年充実しており、通学の負担なく学習サポートを受けることが可能です。
本記事では、2026年最新版として、長崎県でおすすめできるフリースクールを地域別に紹介するとともに、フリースクールの選び方、費用の目安、出席扱い制度についても詳しく解説します。
\不登校生徒の保護者が選ぶ/
総合満足度が高いフリースクール
![]() | 総合満足度 4.7 | マンツーマンで手厚く 高校進学率も◎ トライ式中等部 |
|---|---|---|
![]() | 総合満足度 4.5 | 勉強/ゲーム/アニメ が学べて通いやすい バンタンゲームアカデミー中等部 |
![]() | 総合満足度 4.4 | ICT+プログラミング オンライン授業に強い 第一学院中等部 |
*日本全国どこでもオンラインで学べて、出席認定も受けやすいスクールのみ掲載しています

「不登校になってもフリースクールという選択肢がある」と知っておくだけでも親の精神負担は軽くなります。いざ不登校になるとどうすればいいかわからなくなる方も多いので、情報収集だけは早めにしておきましょう。
🌐 長崎県から通えるおすすめオンラインフリースクール
長崎県は地形的に公共交通機関が限られる地域もあるため、通学の負担がないオンラインフリースクールが特に注目されています。
オンラインフリースクールなら、離島や郊外にお住まいでも、質の高い教育を自宅で受けることができます。
ここでは、全国どこからでも入学でき、学校への出席扱い制度にも対応している、実績豊富な3校をご紹介します。
- 通学することに強い不安がある
- 体調が不安定で毎日決まった時間に外出できない
- 離島や郊外に住んでいて近くにフリースクールがない
- 少人数や一対一でのコミュニケーションを好む
- 自分のペースで学習を進めたい
① トライ式中等部(完全個別指導・出席扱い対応)


トライ式中等部は、家庭教師のトライが運営する不登校専門のフリースクールです。完全マンツーマンの個別指導により、お子さん一人ひとりの学習状況に合わせたカリキュラムで学習を進められます。
中学生でも小学校の内容から復習できるため、学習の遅れがある場合でも安心です。また、在籍校との連携実績が豊富で、出席扱い制度の適用率が高いことが特徴です。
| 対象学年 | 小学生〜中学生 |
| 授業形式 | 完全個別指導(マンツーマン) |
| 出席扱い | ✅ 対応(在籍校との連携実績多数) |
| 学習サポート | 個別カリキュラム、無学年方式、高校受験対応 |
| 月額目安 | 約30,000円〜(授業回数により変動) |
| 特徴 | 心理カウンセラー常駐、保護者サポート充実 |


② 第一学院高等学校 中等部(進路指導・心のケア重視)


第一学院高等学校 中等部は、通信制高校の第一学院高等学校が運営するフリースクールです。中学生のうちから高校進学を見据えた進路指導が受けられることが大きな特徴です。
メンタルサポートが充実しており、心理カウンセラーやスクールカウンセラーが常駐。不登校からの高校進学に不安を抱える保護者の方にとって、頼りになる存在です。
| 対象学年 | 小学生〜中学生 |
| 授業形式 | オンライン個別・少人数グループ |
| 出席扱い | ✅ 対応 |
| 学習サポート | 高校受験対策、進路相談、面接練習 |
| 月額目安 | 約25,000円〜35,000円 |
| 特徴 | メンタルサポート充実、高校への内部進学可能 |


③ バンタンゲームアカデミー中等部(ゲーム・プログラミング特化)


バンタンゲームアカデミー中等部は、ゲーム制作やプログラミングに興味がある子どもにとって理想的なフリースクールです。「好き」を起点にした学びを大切にしており、ゲームやアニメが好きな子どもが自然と学習に取り組める環境が整っています。
単なる趣味ではなく、将来のキャリアにつながる実践的なスキルを身につけることができます。中学生のうちからプロの指導を受けられるのは大きな強みです。
| 対象学年 | 中学生 |
| 授業形式 | オンライン・対面(校舎あり) |
| 出席扱い | ✅ 対応 |
| 学習サポート | ゲーム制作、プログラミング、イラスト、3DCG |
| 月額目安 | 約35,000円〜45,000円 |
| 特徴 | 業界プロ講師、作品制作、コンテスト参加 |
「学校の勉強には興味を示さなかったのに、ゲーム制作の授業では目を輝かせて取り組んでいます。プログラミングを学ぶうちに、自然と算数や論理的思考力も伸びてきました。」(長崎市・中2保護者)
オンラインフリースクールの詳しい比較については、別記事で詳しく解説しています。
🏫 長崎県内の地域密着型フリースクール一覧
長崎県内には、地域に根ざしたフリースクールやオルタナティブスクールがいくつか存在します。実際に顔を合わせる対面のサポートを希望する場合や、地域のコミュニティとつながりたい場合には、地域密着型のスクールが適しています。
ここでは、長崎市、佐世保市、大村市、南島原市、長与町などで活動している主なフリースクールをご紹介します。
① フリースクール クレイン・ハーバー(長崎市)
「学校に行かない・行けない子どもたち」の居場所を掲げるスクールで、ゆったりと過ごせる環境を大切にしています。通所が難しい子どもには訪問支援も併用して実施しており、無理なく関わりを持てる体制が整っています。
高校卒業を目指す通信制高校との連携も持っており、中学卒業後の進路についても安心して相談できます。
| 所在地 | 長崎市 |
| 対象 | 小学生〜高校生 |
| 特徴 | 居場所重視、訪問支援あり、通信制高校連携 |
| 利用形態 | 通所・訪問併用可能 |
② schoot(大村市)
小学生・中学生・高校生を対象とし、居場所機能と学習支援を融合させて運営しているスクールです。通学日数を選べる制度を導入しており、子どもの体調や気持ちの状態に合わせて通い方を柔軟に変えられるのが特徴です。
週1回から週5回まで選択可能で、「まずは週1回から始めて、慣れてきたら増やす」といった段階的なアプローチができます。
| 所在地 | 大村市 |
| 対象 | 小学生〜高校生 |
| 特徴 | 通学日数選択可、居場所+学習支援 |
| 利用形態 | 週1〜5回まで選択可能 |
③ フリースペース ふきのとう(佐世保市)
不登校やひきこもりの子どもたちの居場所として機能するスクールです。学習支援だけでなく、親の会・家族会の運営も行っており、子どもだけでなく家族にとっても支えとなる場として評価されています。
親の会では、同じような悩みを抱える保護者同士が情報交換をしたり、気持ちを分かち合ったりできる貴重な機会となっています。
| 所在地 | 佐世保市 |
| 対象 | 不登校・ひきこもりの子ども |
| 特徴 | 親の会運営、家族支援、居場所重視 |
| 利用形態 | 通所 |
④ フリースクール ピカピカがっこう(南島原市)
週2日までの利用、週5日利用など、通学頻度に応じたコースを設定しているスクールです。子どもが自分のペースで学びを選べるように設計されており、無理なく通い続けられる工夫がなされています。
南島原市という立地のため、近隣地域の子どもにとっては貴重な選択肢となっています。
| 所在地 | 南島原市 |
| 対象 | 小学生〜中学生 |
| 特徴 | 週2日・週5日コース選択可 |
| 利用形態 | 通所(頻度選択可) |
⑤ オルタナティブスクール おうち楽幸(長与町)
多様性を尊重する教育を掲げ、通える日を選べる方式を採用しているオルタナティブスクールです。学校への出席扱いを視野に入れているケースもあり、在籍校との連携を意識した運営が特徴とされています。
一人ひとりの個性を大切にする教育方針のため、子どもが自分らしく過ごせる環境が整っています。
| 所在地 | 長与町 |
| 対象 | 小学生〜中学生 |
| 特徴 | オルタナティブ教育、多様性尊重、出席扱い視野 |
| 利用形態 | 通所(日数選択可) |
⑥ フリースクール mahana(長崎市)
来所時間・退所時間を自由に選べる柔軟な制度を取り、学習の時間と自由時間、制作・活動時間を組み合わせたスケジュールを組むスタイルが特徴です。通信制高校生向けのサポートも行っているため、高校生の居場所としても機能しています。
自由度が高い分、子ども自身が主体的に過ごし方を決められるため、自己決定力を育む場としても評価されています。
| 所在地 | 長崎市 |
| 対象 | 小学生〜高校生 |
| 特徴 | 自由時間割、学習・制作・活動の組み合わせ |
| 利用形態 | 通所(時間選択可) |
⑦ にじの木(東彼杵・大村市・諫早市対応)
比較的新しいスクールで、自然を活かした環境の中で、子どもの心に寄り添う支援を行うオルタナティブスクールです。興味・関心を軸とした活動が豊富で、通いやすさを考慮した制度を整えています。
自然体験や農作業などを取り入れたプログラムもあり、机上の学習だけでは得られない学びを提供しています。
| 所在地 | 東彼杵・大村市・諫早市エリア |
| 対象 | 小学生〜中学生 |
| 特徴 | 自然体験重視、興味・関心軸の活動 |
| 利用形態 | 通所 |
「学校では集団行動が苦手だった息子が、少人数のフリースクールでは生き生きと過ごしています。スタッフの方々が一人ひとりの個性を認めてくれるので、安心して通わせられます。」(佐世保市・小6保護者)
最初に検討したいフリースクールTOP3
![]() ![]() | 総合満足度 4.7 | マンツーマンで手厚く 高校進学率も◎ トライ式中等部 |
|---|---|---|
![]() ![]() | 総合満足度 4.5 | 勉強/ゲーム/アニメ が学べて通いやすい バンタンゲームアカデミー中等部 |
![]() ![]() | 総合満足度 4.4 | ICT+プログラミング オンライン授業に強い 第一学院中等部 |
*日本全国どこでもオンラインで学べて、出席認定も受けやすいスクールのみ掲載しています
🔍 長崎県でのフリースクール選び方(5つのポイント)
フリースクールは数多くありますが、お子さんに合った場所を選ぶことが何より重要です。以下の5つのポイントを参考に、家族で話し合いながら検討してみてください。
ポイント① 通いやすさ・アクセスを重視
長崎県は地形的に公共交通路線が限られる地域も多く、スクールが最寄り駅やバス停から現実的に通えるかどうかを優先的に確認したいです。送迎制度があるか、オンライン併用可能なスクールかどうかも重要です。
特に、離島や郊外にお住まいの場合は、オンラインフリースクールを選択肢に入れることで、通学の負担を大幅に軽減できます。



通学に時間がかかりすぎると、それ自体がストレスになり、継続が難しくなることがあります。無理なく通える範囲のスクールを選ぶことが、長く続けるためのコツです。
ポイント② 利用制度の柔軟性
毎日通う形式だけでなく、週数日型、回数制・単発型、ハイブリッド(通所と在宅併用)など、子どもの体調や気分の変動に対応できる制度を持つスクールを選ぶと継続性が高まります。
不登校の子どもは体調や気持ちが不安定になりやすいため、「今日は行けそう」「今日は無理」といった判断ができる柔軟性があると安心です。
ポイント③ 支援体制・理念との一致
スタッフに教育・相談支援の経験があるか、在籍校との出席扱い実績があるか、スクールが掲げる理念(自由重視・見守り型・体験重視など)が子ども・家庭の希望と合うかを重視したいです。
見学や体験授業を通じて、スタッフの対応や雰囲気を実際に確認することが大切です。
ポイント④ 活動内容の充実性
自然体験、創作、ものづくり、探究活動、音楽・アートなど、子どもが興味を引く活動がどれだけ用意されているかは、モチベーション維持に直結します。
机に向かう勉強だけでなく、体験型の学びが豊富なスクールは、勉強に苦手意識がある子どもでも楽しく通い続けられる可能性が高いです。
ポイント⑤ 費用と補助制度
入会金、月額利用料、教材・活動費、保険料等の総額を事前に把握することが大切です。また、自治体・県の支援制度(助成金、出席扱い制度など)が使えるかどうかを確認しておくと負担を軽減できます。
フリースクールの費用と補助金制度については、別記事で詳しく解説しています。


最初に検討したいフリースクールTOP3
![]() ![]() | 総合満足度 4.7 | マンツーマンで手厚く 高校進学率も◎ トライ式中等部 |
|---|---|---|
![]() ![]() | 総合満足度 4.5 | 勉強/ゲーム/アニメ が学べて通いやすい バンタンゲームアカデミー中等部 |
![]() ![]() | 総合満足度 4.4 | ICT+プログラミング オンライン授業に強い 第一学院中等部 |
*日本全国どこでもオンラインで学べて、出席認定も受けやすいスクールのみ掲載しています
💰 長崎県のフリースクール学費相場(目安)
長崎県内のフリースクールの学費は、スクールの形態や提供するサービス内容によって大きく異なります。以下は一般的な相場の目安です。
| 費用項目 | 相場の目安 |
|---|---|
| 入会金 | 約5,000〜30,000円程度 |
| 月額利用料 | 約15,000〜30,000円程度 |
| 利用日数に応じたコース | 週2日まで・週5日までなどで料金設定 |
| 活動費・教材費 | 年間数千円〜数万円程度 |
| 通学補助・援助制度 | 自治体により通学費の援助制度がある可能性あり |
- 週1〜2日から始めて、慣れてから日数を増やす
- 月額3万円以下のフリースクールも検討する
- 自治体の助成金・補助制度を活用する
- オンラインフリースクールは比較的低価格
オンラインフリースクールの場合、トライ式中等部は約30,000円〜、第一学院中等部は約25,000〜35,000円と、通学型のフリースクールと同等かやや安い価格帯で利用できます。
📋 長崎県での出席扱い制度の活用方法
フリースクールの出席扱い制度を活用すれば、在籍校の出席日数として認められるため、内申点への影響を最小限に抑えることができます。
出席扱い制度を利用するには、文部科学省が定めたいくつかの要件を満たす必要があります。
- 保護者と学校との間に十分な連携・協力関係があること
- 訪問等による対面指導が適切に行われていること
- 学習活動の状況が継続的に把握されていること
- 学習の成果を評価できること
- 指導要録に記載する場合、出席扱いとすることが適切と判断されること
トライ式中等部や第一学院中等部は、出席扱い制度の適用実績が豊富で、在籍校との連携についてもサポートしてくれます。地域密着型のフリースクールでも、出席扱いを視野に入れているスクールが増えてきています。



出席扱い制度を利用するには、在籍校の校長先生の許可が必要です。フリースクール側からも協力してもらい、保護者・フリースクール・学校の三者で連携を図りましょう。


🎓 フリースクールから高校進学は可能?
「フリースクールに通っていて、高校進学は大丈夫なのか?」という不安を抱える保護者の方も多いかもしれません。結論から言うと、フリースクールから高校進学は十分に可能です。
実際に、トライ式中等部や第一学院中等部では、高校受験に向けた学習指導や進路相談、面接練習などのサポートが充実しています。長崎県内でも、不登校経験者を積極的に受け入れる通信制高校やサポート校があります。
- 通信制高校(全日制より柔軟なカリキュラム)
- 定時制高校(夜間・昼間部あり)
- 私立高校の特別選抜枠(不登校枠)
- サポート校と通信制高校の併用
- 全日制高校(内申点が重視されない学校)
不登校からの高校進学について詳しく知りたい方は、専用記事もご覧ください。
🌱 まずは見学・体験から始めよう
フリースクール選びで最も大切なのは、お子さん自身が「ここなら通えそう」と感じられるかどうかです。どれだけ評判が良いスクールでも、子どもに合わなければ意味がありません。
まずは見学や体験授業を通じて、実際の雰囲気を確かめることをおすすめします。
- スタッフの対応は温かいか?子どもへの接し方は?
- 他の子どもたちはどんな様子で過ごしているか?
- 教室の雰囲気は落ち着いているか?居心地は良いか?
- 活動内容は子どもの興味に合いそうか?
- 出席扱い制度への対応実績はあるか?
- 保護者へのサポート体制は整っているか?
オンラインフリースクールの場合は、トライ式中等部、第一学院中等部、バンタンゲームアカデミー中等部など、まずは無料の資料請求や体験授業を利用して、サービス内容を確認しましょう。



見学の際、子どもが「嫌だ」と感じたら無理に入学させないことが大切です。逆に、子どもが少しでも興味を示したら、それは大きな一歩です。焦らず、子どものペースを尊重しましょう。
まとめ:長崎県のフリースクールは選択肢が広がっている
長崎県には、クレイン・ハーバー、schoot、ふきのとう、ピカピカがっこう、おうち楽幸、mahana、にじの木など、地域密着型のフリースクールが少しずつ増えてきています。また、全国どこからでも入学できるオンラインフリースクールも充実しており、選択肢は確実に広がっています。
「学校に行けない=将来がない」ではありません。フリースクールは、お子さんが安心して学び、成長できる新しい居場所です。
- 気になるフリースクールの資料請求をする
- オンラインフリースクールの体験授業を申し込む
- 見学の予約を入れて、実際の雰囲気を見てみる
- 不登校の親の会に参加して情報交換する
- 子どもと一緒に「どんな場所なら通えそうか」を話し合う
焦らず、子どものペースで一歩ずつ進んでいきましょう。お子さんに合った居場所がきっと見つかります。
\不登校生徒の保護者が選ぶ/
総合満足度が高いフリースクール
![]() ![]() | 総合満足度 4.7 | マンツーマンで手厚く 高校進学率も◎ トライ式中等部 |
|---|---|---|
![]() ![]() | 総合満足度 4.5 | 勉強/ゲーム/アニメ が学べて通いやすい バンタンゲームアカデミー中等部 |
![]() ![]() | 総合満足度 4.4 | ICT+プログラミング オンライン授業に強い 第一学院中等部 |
*日本全国どこでもオンラインで学べて、出席認定も受けやすいスクールのみ掲載しています



「不登校になってもフリースクールという選択肢がある」と知っておくだけでも親の精神負担は軽くなります。いざ不登校になるとどうすればいいかわからなくなる方も多いので、情報収集だけは早めにしておきましょう。
最初に検討したいフリースクール
「子どもにあったスクールを選びたい」
「フリースクール選びで失敗したくない」
そんな方は、まずは気になるフリースクールの資料請求をしてみましょう。


・具体的なカリキュラムの内容
・在校生の生の声
・卒業後の進路実績
・専攻コースの詳細
・学費サポートの有無
・入学までの流れ
パンフレットには載っていない、フリースクールの「リアル」が分かるはずです。



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